红河州大小河流众多，大小的河流288条，境内最大的河流为红河。红河流域主要河流有红河、李仙江、藤条江、南溪河、小河底河、小黑江、牛孔河、盘龙河、大梁子河等。珠江流域主要河流有南盘江、泸江、甸溪河、沙甸河、曲江。拥有蒙自五里冲水库、弥勒太平水库2大水库。